屋顶花园的排水也非常的重要，像南方天气雨水多，经常面临台风暴雨的天气，一旦在屋顶形成积水无法排出，不仅会造成植物涝死，也很容易通过入口渗入室内。一方面需要让屋顶地面具备一定坡度让积水流入出水口，另一方面，屋顶花园施工也要采取一定措施，比如利用卵石做排水层，用无纺布做好过滤层，这样才能保证屋顶花园的有效排水。